Zatvori su posebne državne institucije u kojima se izvršava kazna lišavanja slobode. U tom smislu zatvori utiču na stanje bezbednosti na dva načina. S jedne strane, potrebno je stvoriti zatvorsko okruženje gde se prestupnici nakon izdržane kazne mogu ponovo vratiti u normalne životne tokove i ostati izvan delovanja različitih kriminalnih grupa. To je glavni cilj i smisao funkcionisanja zatvora.
Zatvori u Srbiji se ne mogu pohvaliti visokim nivoom ispunjavanja ovog cilja jer se 65 odsto zatvorenika nakon izdržane kazne vraća „starom poslu“. S druge strane, potrebno je uvesti mehanizme zaštite ljudskih prava. U tom pogledu potrebno je formulisati pravila o upotrebi sredstava prinude i disciplinskih mera i uvesti efikasne načine kontrole i nadzora, kao i zaposliti više ljudi i istovremeno sprovesti posebnu obuku o poštovanju ljudskih prava zatvorenika. Građani očekuju da zatvori budu „bezbedna mesta“ gde se pobune i bekstva ne dešavaju, kao i da se u njima ne planiraju ili već vrše nova krivična dela.
U Srbiji se zavodske sankcije i pritvor izvršavaju u 28 ustanova. U tim zatvorima je potvrđeno 27 osoba s HIV infekcijom, 1.931 sa hepatitisom B i C. Na osnovu istraživanja, 91 odsto maloletnika u Vaspitno-popravnom domu u Kruševcu je imalo iskustva s narkoticima i psihostimulansima. U 2007. zabeleženo je 414 sukoba u kojima je učestvovalo 596 osoba, gde su lakše povređene 72 osobe, a teže osam. Zaplenjeno je 106 komada hladnog oružja i 514 mobilnih telefona koji često predstavljaju izvor sukoba. Zaplenjeno je 470 grama heroina i kokaina, 520 grama marihuane i hašiša, 22 litre alkohola i više od četiri hiljade psihoaktivnih medikamenata.
Devet osoba je u zatvorima izvršilo samoubistvo, dok je njih 67 to pokušalo da učini. Samopovređivanja je bilo u 215 slučajeva. Štrajk glađu je zabeležen u 352 slučaja, a glavni razlog zbog kojeg se osuđenici odlučuju na to jeste nezadovoljstvo izazvano neažurnošću suda.
Raspoloživi prostorni kapaciteti u zatvorima u Srbiji su, po domaćim merilima, adekvatni za smeštaj oko 6.000 osoba. Međutim, po standardima koji se primenjuju u Evropskoj uniji (četiri kvadratna i osam kubnih metara po zatvoreniku), bilo bi mesta za oko 4.500 zatvorenika. Međutim, u zatvorima u Srbiji se 2007. nalazilo 8.532 lica. Evropski komitet za prevenciju torture i nehumanih postupaka i kažnjavanja konstatovao je da su glavni problemi prenatrpanost zatvora i neadekvatnost prostora za smeštaj zatvorenika. Pored toga, konstatovano je da nije razvijen sistem pritužbi zatvorenika i da im nije omogućeno da kontaktiraju s ombudsmanom, da nedostaju registri o upotrebi sredstava prinude u zatvorima, da se ne preduzimaju mere prema onim pripadnicima zatvorske straže koji prekoračuju svoja ovlašćenja, kao i da nije razvijen sistem alternativnih sankcija.
Pravni okviri rada kazneno-popravnih ustanova počivaju na Ustavu, Zakonu o izvršenju krivičnih sankcija i Zakonu o maloletnim izvršiocima krivičnih dela i krivičnopravnoj zaštiti maloletnika iz 2005, kao i na Zakonu o organizaciji privrednih jedinica ustanova za izvršenje krivičnih sankcija iz 1998. i jednom većem broju podzakonskih akata.
U celini gledano, pravni okvir u Srbiji je vrlo dobar i usaglašen s međunarodnim pravom. Međutim, ono što nedostaje je strateški pristup rešavanju različitih problema. Neke od njih smo već naveli. Potrebno je izraditi i usvojiti strategiju kojom bi se napravio plan za povratak zatvorenika u normalne društvene tokove, omogućiti im zaposlenje i ako postoje mogućnosti da se u vremenu odsluživanja kazne uvedu novi načini obrazovanja ili dokvalifikacije. Pored toga, treba obezbediti potrebna sredstva i osposobiti nadležne institucije za primenu alternativa kazni zatvora.
Postoje nekoliko otvorenih pitanja u procesu reforme rada kazneno-popravnih ustanova. Pitanje zastupljenosti žena postaje relevantno onda kada dođemo na teren politike unapređivanja u službi i postavljanja žena na rukovodeća mesta, kao i na teren prijema žena u druge službe. Izveštaj Uprave za izvršenje zavodskih sankcija, koji sadrži podatke o troškovima i finansijskom poslovanju zavodskih ustanova, treba da bude dostupan javnosti. Uprava za izvršenje zavodskih sankcija ima i obavezu da godišnje izveštaje o radu dostavlja Narodnoj skupštini, njenom nadležnom radnom telu i ministru pravde. Izveštaji o radu Uprave za izvršenje zavodskih sankcija predstavljeni su javnosti u 2007. i 2008.
Kao i u drugim oblastima, i u ovoj postoje relativno male, odnosno nedovoljno razvijene mogućnosti za učestvovanje građana i njihovih udruženja u kreiranju politike. Što hitnije treba osnovati komisiju Narodne skupštine koja će biti zadužena za nadzor izvršenja krivičnih sankcija. Aktom Vlade treba obavezati Upravu za izvršenje zavodskih sankcija da redovno obaveštava javnost o stanju u zatvorima i o eventualnim pojavama koje su značajne za sigurnost zatvorenika i bezbednost zajednice.
Potom bi trebalo unaprediti uslove života zatvorenika i upoznati ih s postupcima zaštite njihovih prava, kao i pružiti zatvorenicima besplatnu pravnu pomoć za vođenje žalbenog postupka. Neophodno je i ojačati kapacitete Zaštitnika građana i Pokrajinskog ombudsmana potrebne za rešavanje pritužbi zatvorenika. Treba osigurati da zatvorenici koji su pripadnici nacionalnih i verskih manjina u potpunosti ostvaruju pravo na korišćenje svog jezika, pravo na upražnjavanje verskih obreda, kao i pravo na posebnu ishranu.